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L’Institut Pasteur de Tunis est l’une des trois institutions nationales désignée pour répondre au besoin du Ministère de l’Agriculture en matière de diagnostic et de confirmation des cas suspects de BSE, en Tunisie. A ce titre, Le Laboratoire d’Histologie et le laboratoire d’anatomo-pathologie, en collaboration avec le Laboratoire de la Rage et le Laboratoire de Microbiologie Vétérinaire assure :

• La surveillance de cette pathologie : à cette fin, ont été mis en place les moyens techniques nécessaires (histologie, immuno-histo-chimie et test rapide de diagnostic post-mortem (ELISA) pour répondre à toute demande urgente.
• La réalisation du test rapide (ELISA-BIORAD) pour la recherche de l’agent pathogène dans les échantillons bovins et ovins reçus dans le cadre du diagnostic de la rage et qui se sont avérés négatifs pour la rage.

Ainsi, des encéphales d’animaux suspects, mais négatifs pour la rage, ont été analysés par des techniques histologiques ; tous se sont révélés négatifs. De plus, le test ELISA- Bio-Rad est en cours d’utilisation sur des échantillons congelés.

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Le Laboratoire de Pathologies animales a été désigné, depuis 2001, par la Direction Générale des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture, en tant que Laboratoire de diagnostic de la clavelée chez les ovins. Ceci entre dans le cadre du Programme Maghrébin de Suivi et d’Eradication de la clavelée dans les pays du Maghreb, entamé par la Direction Générale des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture en collaboration avec l’Institut Pasteur de Tunis. A ce titre, le Laboratoire Microbiologie Vétérinaire assure :
l’isolement sur culture cellulaire et l’identification du virus de la clavelée à partir d’échantillons reçus du terrain
la détermination de la nature des souches virales circulantes sur le plan de leur pathogénicité, étant donné qu’un programme national de vaccination est en cous d’application dans le pays.

Ainsi, depuis le démarrage de cette activité, une dizaine d’isolats a été obtenue; leur identification par la technique de séro-neutralisation sur cultures primaires de reins et de testicules d’agneaux, a permis de confirmer 5 isolats du virus sauvage de la clavelée, qui se sont adaptés aux cultures sur la lignée Vero

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L’activité du laboratoire de contrôle des eaux et denrées alimentaires  dans le cadre du Programme national de surveillance des denrées alimentaires et des eaux :

1. La surveillance de la qualité sanitaire des eaux de boisson et des denrées alimentaires, nécessaire à la prévention des toxi-infections alimentaires telles que les salmonelloses, et des maladies à transmission hydrique telles que la fièvre typhoïde et le choléra.
2. La surveillance de la qualité sanitaire des eaux de baignade (eaux de mer, de piscines, de puits...) des eaux de conchyliculture et des eaux usées, notamment dans le cadre du programme international OMS/PNUE sur la pollution de la mer Méditerranée (Voir plus haut).
3. La participation à l’établissement des normes tunisiennes (INNORPI) concernant la qualité des eaux et des aliments.
4. L’organisation de cours de formation nationaux

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L’institut Pasteur intervient dans le programme national de lutte contre le paludisme à plusieurs niveaux :
Le laboratoire de Parasitologie Clinique  agit en tant que référence pour le réseau des laboratoires périphériques des centres des soins de santé de base. Il assure un examen de contrôle de 10% des frottis et gouttes épaisses effectuées en périphérie, soit environ 6000 lames par an, ainsi que le contrôle toutes les lames étiquetées positives.
Le laboratoire de Parasitologie Clinique contribue également à la surveillance des étudiants résidents non permanents en Tunisie et des sportifs originaires des zones d’endémie palustre ; cette activité couvre environ 500 individus par an.
Le service de vaccination intervient par le conseil et la prescription de la chimio- prophylaxie pour les voyageurs se dirigeant vers les zones à risque palustre