Depuis sa création, l'IPT a orienté ses activités de recherche vers les maladies infectieuses d'origine virale, bactérienne et parasitologique, y compris les maladies zoonotiques et celles transmises par vecteurs. Les programmes de recherche et de formation à l'IPT sont principalement axés sur les priorités nationales en matière de santé et/ou sur des problèmes économiques, notamment la rage, l'hépatite virale, la rougeole, les infections à entérovirus, le coronavirus, les infections par le papillomavirus, les leishmanioses, l'hydatidose, la tuberculose, les mycoplasmes, la théilériose bovine et d'autres maladies transmises par les tiques, y compris la maladie de Lyme, les maladies aviaires et d'autres maladies microbiennes vétérinaires, ainsi que plus récemment les infections virales transmises par les moustiques (comme le virus du Nil occidental) et la grippe aviaire.
D'autres domaines de recherche incluent l'envenimation par scorpion et serpent, les déficiences immunitaires, les hémoglobinopathies et les maladies génétiques orphelines, ainsi que les investigations sur la susceptibilité génétique au diabète de type II et aux cancers.
Les activités de recherche de l'IPT sont organisées en dix laboratoires de recherche. Elles sont menées dans le cadre de programmes de financement spécifiques du gouvernement (Ministère de la Santé publique et Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche scientifique) et bénéficient d'un soutien financier substantiel de la part d'organismes non gouvernementaux et d'organismes internationaux, notamment l'OMS/TDR, l'OMS-EMRO/COMSTECH, les NIH, la Commission européenne, le Wellcome Trust, le réseau Pasteur, etc.
Les activités de recherche et les programmes de formation de l'IPT sont étroitement intégrés et coordonnés. Actuellement, plus de 120 étudiants en cycle supérieur (master, doctorat) et post-doctorat de différentes universités en Tunisie sont formés à l'IPT, offrant une occasion unique d'échanges scientifiques, de valorisation des compétences et de développement des compétences en biotechnologie.
Depuis 2015, l'IPT a été désigné par l'OMS-TDR comme Centre de formation régional pour la région méditerranéenne orientale. À cet égard, de nombreux cours internationaux ont été organisés portant sur la mise en œuvre de la recherche, les bonnes pratiques de recherche en santé (GHRP) et les bonnes pratiques de laboratoire clinique (GCP-GCLP).
