Bioinformatique, biomathématiques, biostatistiques (Bims)

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Chef du laboratoire: Alia Benkahla, Biologiste, Bioinformatique
E-mail: alia.benkahla@pasteur.tn, Tél :+216 71 783 022 (poste 464)

Positionnement scientifique et problématique de recherche-développement
Du gène à la population en passant par la cellule et l'individu et son environnement, la modélisation permet de formaliser un ensemble d'interactions intégratives aidant par la suite à appréhender les mécanismes à l'origine des phénomènes biologiques observés. C'est autour de ce souci d'intégration de l'ensemble des niveaux d'organisation du vivant avec un ancrage dans le domaine de la santé, que s'articulent les principaux axes de recherche de ce laboratoire.

Notre programme de recherche est composé de 5 projets allant de l'échelle moléculaire (génome, transcrits, protéines et métabolites), à l'échelle cellulaire, à l'échelle de l'individu (organisme macroscopiques et microscopiques) et pour finir des populations (pharmacocinétique, pharmacodynamie, épidémiologie et écologie).

Les 5 projets visent à développer des protocoles permettant la transformation des données biologiques brutes disponibles en information compréhensible. Ils visent également à développer des systèmes d'aide à la décision pour une meilleure gestion et contrôle des problèmes biologiques abordés. La diversité des approches présentées fournit une multitude de méthodes d'abstraction permettant de parvenir à une meilleure compréhension des phénomènes biologiques. Le processus d'abstraction permet de trouver un dénominateur commun intégrant plusieurs problématiques et hypothèses biologiques que la modélisation se charge de formaliser. La diversité des problèmes biologiques est maîtrisées grâce à une unité des techniques mathématiques, statistiques ou informatiques.

Projets du Laboratoire
Projet 1: Génomique fonctionnelle: Développement de protocoles bioinformatiques permettant l'identification de gènes candidats associés à un phénotype particulier et l'identification et modélisation des processus biologiques et voies métaboliques impliqués. Projet 2 : Analyses statistiques de polymorphismes chimiques et de tendances métaboliques Projet 3: Développement d'une plateforme informatique permettant d'intégrer et de traiter l'information biomédicale et de modéliser des profils de patients Projet 4 : Mise en place d'une plateforme d'aide à la décision pour le choix des traitements du cancer de la vessie : BLACkouT (BLAdder Cancer Therapy) Projet 5 : Eco-évolution mathématique : évolution de traits d'histoire de vie Épidémiologie sociale et vectorielle (obésité) Composition du laboratoire:

Prénom, Nom Fonction
Alia, BENKAHLA Biologiste/Chef du Projet 3/Chef du Laboratoire
Atfa, SASSI Biologiste
Slimane, BEN MILED Maître de Conférences/Chef du Projet 5
Nabil, SEMMAR Maître de Conférences/Chef de Projet 2
Kais, GHEDIRA Biologiste adjoint/Chef de Projet 1
Amira, KEBIR Maître Assistante/Chef de Projet 4
Ines, ABDELJAOUED Maître Assistante
Anissa, RABHI Maître Assistante
Oussama, SOUIAI Maître Assistant
Chokri, BEKKEY Maître Assistant
Ines, TIOUIRI Administrateur Systéme
Aymen, BEN CHAALIA Développeur
Cherif, BEN HAMDA Etudiant en Thèse
Soumaya, CHEIKH-ALI Etudiante en Thèse
Ghassen, HADDAD Etudiant en Thèse
Rym, JAROUDI Etudiante en Thèse
Mariem, JELASSI Etudiante en Thèse
Sonia, KECHAOU-CHERIF Etudiante en Thèse
Leila, KHOUAJA Etudiante en Thèse
Dorra, LOUATI Etudiante en Thèse
Houssem, BEN KHALFALLAH Etudiant en Thèse
Mahmoud, ABU AZUM Etudiant en Thèse
Hiba, JABRI Etudiante en Thèse
Ayoub, KSOURI Etudiant en Thèse
Wajdi, ZAATOUR Etudiant en Thèse
Mariem, HANACHI Etudiante en Thèse

Plateformes et Outils: Plateformes installées par le groupe et mises à la disposition de la communauté scientifique:

1.Galaxy
2.OpenClinica
3.RedMine
4.RedCap (disponible à partir de Pasteur uniquement)
5.WebProtégé

Chef du laboratoire : Pr Henda Triki,
Professeur Hospitalo-Universitaire, Microbiologie (Virologie)
henda.triki@pasteur.rns.tn
71 843 755 (poste 412)

 

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