Laboratoire d'Epidémiologie Médicale

Liste du personnel de la structure désignée et sa position/fonction

Prénom, Nom Position Fonction Autres structures pasteuriennes d'affiliation
Jihène Bettaieb Maître de conférences Agrégé Hospitalo-Universitaire Chef de service LTCII
Ghassen Kharroubi Assistant hospitalo-Universitaire LTCII
Wissem Ghawar Biologiste adjoint LTCII
Aicha Boukthir Technicien Sup Major Surveillant LTCII
Nebil Bel Haj Hmida Technicien Sup Major LTCII
Adel Gharbi Technicien LTCII
Mongi Dellagi Technicien contractuel LTCII
Mohamed Ali Snoussi Technicien Vétérinaire Principal LTCII
Sana Chaâbène Ingénieur contractuel LTCII
Rihab Yazidi Ingénieur contractuel LTCII
Hayet Mhenni Gestionnaire contractuelle LTCII
Sadok Salem Technicien supérieur contractuel LTCII
Inès Chérif Résidente en médecine LTCII

Intitulé : Laboratoire d'épidémiologie médicale LES ACTIVITES DE RECHERCHE menées au sein du service Le service d'Epidémiologie Médicale à l'Institut Pasteur de Tunis est une structure hospitalo-universitaire qui assure les activités suivantes :  i) Participation à l'amélioration des connaissances sur le profil épidémiologique des maladies transmissibles prioritaires en Tunisie par la réalisation d'études épidémiologiques populationnelles dans le but de proposer des mesures de contrôle et de prévention efficaces et appropriées. ii) Renforcement du système national de surveillance épidémiologique par le développement et la mise en place des systèmes d'alerte précoce pour la gestion des maladies transmissibles à potentiel épidémique. iii) Promotion des bonnes pratiques, cliniques et de laboratoires dans la recherche biomédicale et en épidémiologie du terrain par la formation universitaire et post-universitaire aux niveaux régional, national, et international. Nos principales activités concernent :

A. Les systèmes de surveillance épidémiologique L'équipe d'Epidémiologie participe à l'élaboration et la mise en place des nouveaux systèmes de surveillance et de veille sanitaire qui incorpore en plus des données temporelles sur les maladies (essentiellement celles à déclaration obligatoire, les maladies émergentes et ré-émergentes et les maladies à potentiel épidémique), des informations démographiques, écologiques et géographiques superposées dans des cartes électroniques à plusieurs couches. Ces outils permettraient la modernisation et l'amélioration de la performance des systèmes d'informations sanitaires actuels pour une meilleure gestion des risques sanitaires. Cette activité se déroule désormais en collaboration avec la Direction des soins de santé de Base et le laboratoire de référence de la grippe au CHU Charles Nicole pour mettre à niveau le système de surveillance épidémiologique. Dans le cadre de cette collaboration un projet intitulé "Renforcement de la surveillance de la grippe en Tunisie", financé par le CDC d'Atlanta, USA a été mis en place en 2014. Ce projet vise à améliorer les performances du système de surveillance sentinelle actuel d'ici 2021. Ainsi les objectifs, les composantes et l'organisation du dispositif national de surveillance de la grippe ont été révisés afin de renforcer ses capacités, en utilisant des méthodologies et des procédures normalisées.   Ce nouveau système de la surveillance de la grippe en Tunisie a pour objectifs de : Suivre la tendance de l'infection grippale dans le temps et dans l'espace en Tunisie. Détecter les épidémies saisonnières à leurs débuts. Décrire l'épidémie de grippe dans le temps (= établir la courbe épidémique) et pour différents groupes d'âge et identifier, éventuellement, les sous-groupes de population à risque. Evaluer la sévérité et l'impact de l'épidémie dans la population : sur les hospitalisations et les décès en Tunisie par la mise en place des sites de surveillance SARI:" severe acute respiratory infection". Identifier les virus circulants et leurs principales caractéristiques. Détecter précocement les changements dans les virus de la grippe et l'apparition des nouveaux variants ou sous-types de virus grippal. Détecter des virus respiratoires émergeants (ex : Mers-Cov) Dans ce contexte une étude d'évaluation des performances techniques de l'ancien système de surveillance a été conduite et a couvert la période 2012-2015. L'évaluation a couvert la structure, l'organisation, le processus et les produits du système de surveillance et de riposte et devra pouvoir implémenter les mesures correctives permettant d'atteindre les objectifs fixés. Cette étude, dont les résultats ont été publiés dans la revue BMC Public Health, a permis d'identifier les priorités pour l'amélioration du système de surveillance et a fourni des indicateurs de référence pour des futures évaluations. Par ailleurs, l'application informatique du nouveau système électronique de gestion des données de surveillance de la grippe (IMS : Information management System) qui va permettre de relier tous les intervenants dans la surveillance de la grippe en Tunisie à travers une plateforme en ligne avec un recueil et gestion des données épidémiologiques et virologiques de la surveillance en temps réel a été, effectivement, mise en place en 2019. Cette application a été déjà présentée aux différents acteurs impliqués dans la surveillance et installée au niveau des centres sentinelles de surveillance. L'exploitation de ce système a commencé et on est en train de recueillir le feedback des différents utilisateurs afin d'améliorer la performance de la plateforme. Par ailleurs, l'application a été validée par le centre informatique du ministère de la santé (CIMS) qui désormais, en collaboration avec tous les partenaires, prend en charge la résolution des problèmes rencontrés afin d'améliorer les performances de la plateforme. Parmi les défaillances notifiées, la génération des rapports d'analyse des données et la qualité de la connexion internet étaient au centre des préoccupations. Des réflexions sont en cours pour prendre les mesures nécessaires

B. Le vaccin de la grippe saisonnière La vaccination antigrippale est considérée comme le moyen le plus efficace pour prévenir la grippe saisonnière et limiter ses complications. De ce fait, l'OMS recommande la vaccination antigrippale à certains groupes cibles dont les professionnels de santé, qui de par la nature de leur métier ont un risque important de contracter la grippe et de la transmettre à leurs patients. Les personnes âgées et les femmes enceintes représentent aussi des groupes prioritaires pour recevoir le vaccin contre la grippe. En dépit de ces recommandations, un faible taux d'adhésion au vaccin antigrippal a été observé chez les groupes cibles de la vaccination dans divers pays, notamment la Tunisie. Dans cette activité menée en étroite collaboration avec l'ONMNE, on s'intéresse à comprendre ces réticences afin d'essayer d'y pallier en mettant en œuvre les mesures de sensibilisation adéquates. Plus précisément, à travers des enquêtes descriptives transversales se basant sur une approche mixte (quantitative et qualitative), on vise à : Identifier et décrire les obstacles à la vaccination antigrippale, en étudiant les connaissances, les attitudes et les pratiques des groupes cibles envers le vaccin contre la grippe saisonnière Estimer la couverture vaccinale contre la grippe saisonnière auprès des trois groupes cibles de la vaccination antigrippale:(Femmes enceintes, Professionnels de la santé, Patients âgés (≥65 ans) et atteints de maladies chroniques) Au total, 1231 personnels de santé, 1191 sujets âgés et 1157 femmes enceintes ont été inclus dans l'étude. Ils étaient sélectionnés selon un échantillonnage stratifié à plusieurs degrés auto-pondéré parmi les consultants et les travailleurs de la santé des structures publiques de santé suivantes : centres de santé de base, hôpitaux régionaux et hôpitaux de circonscriptions. Les résultats des analyses préliminaires ont révélé une faible couverture vaccinale contre la grippe, pour la saison grippale 2018-2019, chez les trois groupes cibles : Femmes enceintes : 4,4% (IC : à 95% [3,3-5,7]) Professionnels de la santé : 15,3% (IC : à 95% [13,3-17,2]) Patients âgés et atteints de maladies chroniques : 19,4% (IC : à 95% [14,1-21,9]) Le dépouillement des données est en cours pour affiner davantage les analyses afin d'identifier les obstacles à la vaccination antigrippale  

C. La pandémie COVID19 : L'équipe d'épidémiologie en coordination avec l'ONMNE et les DR de santé contribue à l'effort national de lutte contre le Sars-cov2 par la mise en place d'enquêtes transversales visant la mesure de la diffusion du SARS-COV-2 dans la population générale et parmi le personnel de santé. Pour cette fin, une étude séro-épidémiologique transversale de porte à porte dans deux zones d'incidences différentes (Hotspot et faible incidence) de la ville de Tunis sera menée en 2021. L'étude se basera sur un échantillon de la population générale tiré au sort par sondage en grappe à l'échelle des quartiers et sera donc constituée par l'ensemble des membres des foyers sélectionnés. Environ 800 personnes seront incluses par zone d'étude. Pour chaque participant un questionnaire sera administré et un prélèvement de sang sera effectué pour analyse sérologique avec la technique ELISA. Pour le personnel de santé, une étude séro-épidémiologique transversale exhaustive parmi le personnel de l'IPT sera menée à la fin de la saison grippale 2020-2021. L'ensemble des agents de l'IPT travaillant de façon permanente ou temporaire seront invités à participer à l'étude Le protocole des deux études a été finalisé ainsi que le dossier éthique et ont été soumis pour approbation au comité d'éthique de l'IPT

D. L'épidémiologie des hépatites virales L'Investigation clinique de l'infection par les virus des hépatites dans une région d'hyperendémicité relative pour l'hépatite C en Tunisie : la Région de Thala. Une étude transversale populationnelle de porte à porte a été menée dans la région auprès de 3233 individus, âgés de 5 à 75 ans sélectionnés à travers un échantillon aléatoire stratifié en grappe. Les objectifs spécifiques de cette investigation sont : i. Estimer la prévalence de l'infection par le VHC dans la population générale de Thala et identifier les facteurs de risque de contamination et les souches virales circulantes ; ii. Etudier la co-infection par les autres virus des hépatites notamment VHB, VHA et VHG.

E. L'histoire naturelle de l'infection par les parasites Leishmania dans des foyers mixtes et émergents de Leishmaniose Cutanée du sud de la Tunisie La caractérisation des manifestations cliniques des parasites Leishmania et l'incrimination des réservoirs et des vecteurs impliqués dans le cycle de transmission dans des foyers émergents et mixtes de leishmaniose cutanée (Leishmania (L.) major et L. killicki (syn. tropica) dans le sud de la Tunisie (Tataouine). Cette activité se déroule dans le cadre d'un projet financé par le centre d'investigation clinique (CIC) de l'IPT intitulé «Maladies transmissible : histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prévention et le traitement ». Ce projet a une structure matricielle comportant 4 volets scientifiques : 1er volet : humain (l'hôte humain). 2ème volet : rongeurs réservoirs suspects (C. gundi, Meriones spp. et Jaculus spp.). 3ème volet : entomologique, vecteurs (P. papatasi, P. sergenti, ...).  4ème volet : les différents éléments du cycle de transmission (homme, rongeurs, vecteus) Plus précisément, ce projet vise à : Décrire le profil épidémiologique et les manifestations cliniques des formes de la LC chez les humains par détection active des cas et isolement des parasites à partir des lésions pour un typage iso-enzymatique et moléculaire ; Estimer la prévalence de l'infection chez les réservoirs suspects (C. gundi); Estimer le taux d'infection de la population phlébotomienne et étudier ses variations dans le temps par une étude entomologique ; Analyser génétiquement les souches isolées à partir des différents éléments du cycle (humains, vecteurs et hôtes réservoirs) pour élucider le cycle de transmission et étudier les conséquences de cette co-existence sur le plan génétique.

F. L'Epidémiologie moléculaire des parasites « Leishmania» isolés de différents hôtes : effet du temps et de la répartition géographique sur le profil génétique des leishmanies Le groupe d'Epidémiologie continue à alimenter sa Bio-banque de souches de leishmanies collectées dans le cadre de ses enquêtes humaines et écologiques afin de tester des hypothèses en rapport avec la variabilité génétique des souches en fonction du type de rongeur, du vecteur et de l'expression clinique de la maladie chez l'homme. Des comparaisons entre le profil génétique des souches anciennes (collectées il y a plus de 20 ans) et des souches récentes a permis déjà d'étudier l'effet du temps et de l'appartenance géographique sur le profil génétique des souches de leishmanies.

 

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