Dans le cadre de leur contribution à l'effort national de surveillance moléculaire du virus SARS-CoV-2, des équipes de l'Institut Pasteur de Tunis (IPT) travaillent ensemble,
sous la coordination du Laboratoire de Virologie Clinique de l'IPT, pour détecter des Variants Préoccupants ("Variants of Concern" ou VoC) et d'Intérêt ("Variants of Interest" ou VoI) qui circulent déjà ou qui pourraient circuler actuellement en Tunisie.
A cette fin, une stratégie de séquençage en deux temps avec un séquençage partiel dans le gène S en premier temps suivi d'un séquençage à haut débit du génome complet a été mise en place (Fares et al. 2021).
Contribuent à cette stratégie le Laboratoire de Virologie Clinique (LVC), le Groupe "Immunobiologie des Infections" (GII) du "Laboratoire de Recherche sur la Transmission, Contrôle et l'Immunobiologie des Infections" (LTCII)",Plateforme de Technologie (IPTOmics) de l'Institut Pasteur de Tunis. , le Laboratoire de Bioinformatique, Biomathémathique et Biostatistique et le Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique.
Le séquençage à haut débit, au départ fait uniquement en sous traitance par la technologie Illumina, est désormais également possible à l'IPT, par la Technologie MinION (Oxford Nanopore Technologies). Ceci a été possible grâce aux efforts du Groupe "Immunobiologie des Infections", en collaboration avec la plateforme technique, certains membres du projet institutionnel Phindaccess et l'équipe de Virologie Clinique et au soutien du Fogarty International Center (Instituts Nationaux de Santé, USA), de l'Université Johns Hopkins (Baltimore, USA) ainsi que la "Division Internationale" du Réseau International des Instituts Pasteur.
Cette démarche est également soutenu par la participation de l'IPT au projet REPAIR, financé par le Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères français qui implique 10 instituts Pasteur du continent africain.
Au 30 juin 2021, 1025 prélèvements ont été testés à la recherche des Variants Préoccupants (VoCs et VoIs). Cette approche a permis de détecter pour la première fois l'introduction du variant Alpha (B.117, Britanique) en Février 2021 et qui a été ensuite retrouvé pratiquement dans tous les gouvernorats du pays. Le variant Nigérien (B.1.525) a été détecté pour la première fois en Mars 2021 et a été retrouvé à Médenine, Sfax, Nabeul et Tunis.
Selon la même approche, la première introduction du variant Delta (B.1.617.2, Indien) a été également signalée en Juin 2021, ce variant a été détecté jusque-là dans différents gouvernorats (Kairouan, Béjà, Tunis, Manouba, Kebili, Monastir, Siliana et Sousse). L'Observatoire National des Maladies Nouvelles et Emergeantes, les différentes Directions Régionales de la Santé ainsi que les autres laboratoires assurant le diagnostic de la COVID contribuent à cet effort par l'acheminement des prélèvements d'intérêt à l'Institut Pasteur de Tunis.
