Institut Pasteur de Tunis - Actualités


L'Institut Pasteur de Tunis coordonne un projet autour de l'Infection au SRAS-CoV2 chez la femme enceinte en Tunisie

preg-cov Pasteur TunisL'Institut Pasteur de Tunis coordonne depuis août 2021, un projet autour de l'Infection au SRAS-CoV2 chez la femme enceinte en Tunisie. Il s'agit d'une étude prospective pour l'investigation clinico-biologique de l'impact de l'infection sur  la santé de la mère et sur l'issue de la grossesse. (PREG-CoV).

Sous la responsabilité du laboratoire de virologie clinique de l'IPT, représenté par le Pr. Henda Triki et le Dr. Mariem Gdoura, le projet implique également, le Centre de Maternité et de Néonatologie de Tunis et les services de gynécologie-obstétrique, le service des consultants externes et le service des urgences gynécologiques, représentés par Dr Rym Ben Hmid, ainsi que le Service de Réanimation Néonatale, représenté par Dr Samia Kacem.

Cette étude est financée par le Programme spécial PNUD-UNFPA-UNICEF-OMS-Banque mondiale de recherche, de développement et de formation à la recherche en reproduction humaine (HRP), un programme coparrainé exécuté par l'Organisation mondiale de la santé (OMS). Il a également été soutenu par WHO Unity Studies, une initiative mondiale de normalisation séro-épidémiologique, financée par le Fonds de réponse solidaire COVID-19 et le fonds de recherche et développement COVID-19 du ministère fédéral allemand de la Santé (BMG).

Dans le contexte de la pandémie COVID-19, les femmes enceintes représentent une population vulnérable. Les données disponibles dans la littérature en rapport avec le risque de transmission materno-fœtal du virus sont encore limitées. Le projet se propose de réaliser une étude prospective pour l'investigation de l'impact de l'infection au SARS-CoV2 chez les femmes enceintes et les éventuelles conséquences directes sur leur fœtus ou leur nouveau-né. Au cours de cette étude, les participantes vont être suivies jusqu'à six semaines après la fin de leur grossesse, ainsi que leur nouveau-né.

Objectifs primaires du projet:
- Analyser si l'infection par le SARS-CoV2 chez les femmes enceintes augmente le risque d'issus défavorables (maternels, périnataux, néonataux et du post-partum), par rapport aux femmes enceintes qui ne sont pas infectées par le SRAS-CoV2. 2.
- Décrire les résultats maternels, périnataux, néonataux et du post-partum chez les femmes ayant reçu au moins une dose de vaccin anti-COVID-19 pendant la grossesse.

Objectifs secondaires du projet :
- Décrire la présence virale dans les différents prélèvements de la femme et pour le nouveau-né et la persistance des anticorps par le SRAS-COV2 pendant la grossesse. - Évaluer la présence et le potentiel de neutralisation des anticorps anti-SARS-cov2 des femmes enceintes infectées dans leur lait maternel.

 
L'Institut Pasteur de Tunis lance la la première base de données intégrative référençant les désintégrines (petites protéines non enzymatiques issues de venins de serpents)

desintigrin(1)L'Institut Pasteur de Tunis lance DisintegrinDB, la première base de données intégrative référençant les désintégrines, petites protéines non enzymatiques issues de venins de serpents.
Ces molécules possèdent un haut potentiel thérapeutique dans le cadre de la lutte contre le cancer.

Cependant jusqu'ici, les diverses informations relatives aux différentes désintégrines étaient disséminées entre une multitude de bases de données, rendant difficile l'accès à l'ensemble des propriétés d'une désintégrine.DisintegrinDB est accessible via ce lien  http://tesla.pasteur.tn/DBs/DisintegrinDB/About.html.  Ce travail a été mené par Dr. Oussema Khamessi (chercheur post-doctoral à l'IPT) en étroite collaboration avec Dr. Kais Ghedira du laboratoire de Bioinformatique, Biomathématiques et Biostatistiques (BIMS) et le Pr. Riadh Kharrat.

Plus d'information, dans la publication scientifique sur la mise en place de cette base de données
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35124463/. Khamessi O, Ben Mabrouk H, Hkimi C, Rtima R, Kamoun S, Kharrat R, Ghedira K.

 
PHINDaccess course : Linux containers & Nextflow for reproducible research and open science (February 7th-11th, 2022)

next_flow_and_docker-FINAL_bleuCOURSE DESCRIPTION (OVERVIEW & PURPOSE)
This slow-paced hands-on course is designed for absolute beginners who want to start using containers and Nextflow pipelines to achieve reproducibility of data analysis. Linux containers allow the storage of code and applications in a host-independent lightweight environment. They became a fast and popular way to share and deploy applications in different environments. Nextflow is a powerful polyglot workflow language that, coupled with Docker and Singularity containers, provides a robust, scalable and reproducible way to run computational pipelines.

LEARNING OBJECTIVES

About containers:

  • Locate and fetch Docker/Singularity images from dedicated repositories.
  • Execute/Run a Docker/Singularity container from the command line.
  • Build Docker container from an existing recipe.
  • Design/Write a Docker recipe.
  • Convert Docker to Singularity image.

About Nextflow:

  • Locate and fetch Nextflow pipelines from dedicated repositories.
  • Execute/Run a Nextflow pipeline.
  • Describe and explain Nextflow's basic concepts.
  • Test and modify a Nextflow pipeline.
  • Implement short blocks of code into a Nextflow pipeline.
  • Develop a Nextflow pipeline from scratch.
  • Run pipeline in diverse computational environments (local, HPC, cloud )

TYPE OF TRAINING
⏭ Course

TRAINING DATES
07-11February 2022

TARGET AUDIENCE
Post and under graduate students, postdocs, engineers working with computational pipelines

PLACE OF THE TRAINING
Streamed via Zoom from Center for Genomic Regulation, Barcelona, Spain.

ORGANIZERS

Centre for Genomic Regulation, Barcelona, Spain

TRAINERS & AFFILIATIONS

Julia Ponomarenko (Genomic Regulation, Barcelona, Spain)
Luca Cozzuto (Genomic Regulation, Barcelona, Spain)
Toni Hermoso (Genomic Regulation, Barcelona, Spain)
Kais Ghedra (Institute Pasteur, Tunis)

NUMBER OF PARTICIPANTS
Approximately 20 (as the course is online the number is flexible)

COURSE/TRAINING PREREQUISITES
Being comfortable working with the CLI (command-line interface) in a Linux-based environment. Applicants are not expected to have worked with Nextflow workflows before

 

 
Visites d'experts PHINDaccess : Renforcement des capacités de l'IPT en technologie NGS grâce à un partenariat stratégique avec Biomics (IP Paris)

 

visite expert Basse defDans le cadre des “visites d'experts” du projet PHINDaccess, une délégation de la plateforme technologique Biomics de l’Institut de Pasteur de Paris (IP) https://research.pasteur.fr/fr/team/biomics/ s’est déplacée à l’Institut de Pasteur de Tunis (IPT) du 27 au 31 décembre 2021. La délégation est composée de Dr. Imène Najjar, chef de projets et Mme Laurence Ma, technicienne supérieure en new-generation sequencing (NGS).

Cette visite est la première d’une série planifiée jusqu’à septembre 2022. Le but global étant de mettre en place à l’IPT une plateforme de service spécialisée en séquençage de deuxième génération (short-read) et capable de répondre aux besoins des chercheurs de l'Institut Pasteur de Tunis dans les domaines de la génomique, de la métagénomique et de la transcriptomique.

Ce premier séjour scientifique à l’IPT avait comme objectif principal la préparation des formations pratiques en NGS qui se tiendront in situ tout au long de l’année.

Ainsi, avec les membres de la plateformes de lIPT, la délégation de Biomics a mené à bien:

l’agencement des paillasses ARN et ADN destinées aux étapes pré-séquençage,

l’agencement des paillasses destinées aux différents contrôles de la qualité et au séquençage utilisant le séquenceur iSeq 100 (en cours d’acquisition par l’IPT),

le test des fonctionnalités des équipements existants à la plateforme de l’IPT,

et l'établissement de l’inventaire du matériel requis à acquérir pour les formations à venir.

Ce séjour marque le début de la deuxième étape du projet de transfert des compétences en NGS entre Biomics et l’IPT. Cette étape vise à renforcer et pérenniser les compétences acquises lors des séjours à Biomics.

En effet, le transfert technologique entre Biomics et la plateforme de l’IPT se déroule en deux phases. La première étant les formations des ingénieurs et de la visite d'expert basse def 2responsable de l’IPT à Biomics entre septembre 2021 et février 2022.
Dans ce cadre, Saïf Azouz a été formé à Biomics par Laurence Ma à la génomique. Sinda Zarrouk a été formée aux bases du management total, aux outils et méthodes de gestion de projets et au déploiement du référentiel ISO9001 par Imène Najjar et Marc Monot. La formation de Mohamed Zouari en transcriptomique est prévue par Elodie Turc en février 2022.

 

 

 
كل عام و أنتم بخير/Meilleurs voeux/Best wishes 2021

Les équipe de l'Institut Pasteur de Tunis vous souhaitent une bonne année 2022


carte nouvel an 2022
 
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