Institut Pasteur de Tunis - Actualités


L'Institut Pasteur de Tunis obtient un financement de la Direction Scientifique de l'Institut Pasteur (Paris) afin d'identifier de nouvelles thérapies contre le pathogène émergent Candida auris

EMRYCandida

Un consortium dirigé par des scientifiques des Instituts Pasteur de Tunis (Dr. Sadri Znaidi, coordinateur du projet), Paris (Dr. Marie-Elisabeth Bougnoux), Shanghai (Dr. Changbin Chen) et Séoul (Dr. David Shum) mettront en œuvre leur expertise et le déploiement de nouvelles technologies dont la génomique fonctionnelle et le criblage à haut débit afin de répondre à un objectif de santé publique ambitieux: barrer la route à la transmission d'un pathogène redoutable appelé Candida auris.

Candida auris est un champignon émergent résistant aux agents antifongiques. Il touche principalement les patients hospitalisés, engageant le pronostic vital et alertant les autorités de santé publique à travers le monde. Le projet EMRYCandida qui a reçu une enveloppe budgétaire de 246,000 euros dans le cadre des Projets Transversaux de Recherche (Direction Scientifique, Institut Pasteur) vise à caractériser des effecteurs décisionnels chez Candida auris, que l'on appelle les protéines kinases, et qui sont des molécules clé de la signalisation cellulaire.

Financé par la Direction Scientifique, Institut Pasteur (PTR) à hauteur de 246 000 euro pour une durée de deux ans, ce projet a pour but de déterminer le rôles des protéines kinases et la pathogénie de Candida auris et de les utiliser comme cible afin d'identifier de nouvelles molécules thérapeutiques.

 
Café scientifique : La recherche sur les maladies infectieuses à l'ère de l’omique et des Big data (15 septembre 2021)

café scientifique 15 sept finalLe mercredi 15 septembre à 15h00, le projet européen PHINDaccess coordonné par l'Institut Pasteur de Tunis organise un café scientifique en ligne intitulé : La recherche sur les maladies infectieuses à l'ère de l'omique et des Big data.

Cet événement destiné au grand public, fera un tour d'horizon sur l'évolution de la recherche dans le domaine des maladies infectieuses. Nous discuterons de la manière dont les sciences omiques et big data ont ouvert de nouvelles perspectives innovantes pour lutter contre ces maladies.Ce café scientifique verra l'intervention de trois chercheurs de l'Institut Pasteur de Tunis, Dr. Fatma Guerfali, Dr. Kaïs Ghedira, Dr. Sadri Znaïdi.

Organisé sous forme de webinaire, vous pourrez le suivre directement en ligne sur la chaîne Youtube du projet PHINDaccess : https://youtu.be/iLD90IMRKp0

 
Le prix "Tremplin" de coopération bilatérale en recherche - Afrique récompense deux Pasteuriens

Aïda GeraldInitiée en décembre 2020, et bientôt à son terme prévu mi-juillet 2021, la manifestation Africa 2020, lancée par Emmanuel Macron, Président de la République française, a pris place sur l’ensemble du territoire français, associant métropole et territoires ultra-marins.

Elle vise à mettre en valeur les agents du changement qui impactent les sociétés contemporaines. Conçue autour des grands défis du 20e siècle, elle permet de présenter les points de vue de la société civile africaine du continent et de sa diaspora récente.

Dans ce cadre, et dès le mois d’octobre 2020, le ministère de l’Education supérieure, de la recherche et de l’innovation (MESRI) avait lancé un appel d'offres pour plusieurs prix destinés à mettre en valeur et renforcer des coopérations bilatérales en recherche déjà engagées entre deux équipes, l'une française et l'autre africaine, en favorisant leur poursuite et leur amplification autour d'un projet de recherche commun d'une durée de deux ans.

Cet appel à projet couvrait toutes les thématiques scientifiques. Les candidats devaient présenter un programme de recherche s'appuyant sur des résultats préliminaires de collaboration et détaillant des objectifs ambitieux de développement de cette coopération. Les projets ont été sélectionnés par un jury international coordonné conjointement par le MESRI et l'Académie des sciences via son comité pour les pays en développement (COPED).

Sur les 88 candidatures reçues, 6 dossiers lauréats ont été retenus pour bénéficier du prix Tremplin. Parmi eux figure le projet de génomique comparative pour l'étude de l'épidémiologie et de l'expression clinique des leishmanioses causées par Leishmania infantum en Tunisie, un axe coopératif ambitieux entre l’Institut Pasteur de Tunis et l’Institut Pasteur à Paris. Il est coordonné respectivement par Aïda Bouratbine du laboratoire de recherche Parasitoses médicales, Biotechnologies et biomolécules, et Gérald Späth, responsable de l’unité Parasitologie moléculaire et signalisation.

 
Qu’en est-il des tiques dans le Pasteur Network ?

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Le COS-RIIP est le comité d'orientation scientifique du Pasteur Network; il a pour mission de conduire une réflexion prospective sur des programmes ayant une portée régionale et internationale, et d'élaborer des propositions pour une meilleure visibilité ainsi que de renforcer l'interconnexion entre les partenaires du réseau avec la communauté scientifique internationale.

A cet effet, le COS-RIIP a identifié quatre axes stratégiques prioritaires tels que les maladies à transmission vectorielle.

Pour aider le COS-RIIP dans la mise en œuvre de ces actions, un axe de réflexion sur les tiques et les maladies transmises par les tiques a été coordonné par Anna-Bella Failloux (Institut Pasteur à Paris) et Youmna M'ghirbi (Institut Pasteur de Tunis) depuis Décembre 2020. Le premier objectif de ce groupe de travail était d'identifier des experts dans le domaine des tiques comme vecteurs d'agents pathogènes dans le Réseau Pasteur et de les inviter à remplir un questionnaire offrant un aperçu de leurs activités sur les tiques. Dix instituts ont répondu à ce questionnaire, aidant à la réalisation d'un état des lieux des forces et des faiblesses du Pasteur Network sur les maladies transmises par les tiques.

Un premier atelier intitulé  "Qu'en est-il des tiques dans le Pasteur Network ?" a eu lieu le 21 juin 2021. L'atelier a abordé cinq thèmes scientifiques : 1. Épidémiologie et modélisation, 2. Biologie et écologie des tiques, 3. Détection des agents pathogènes, 4. Interactions tiques-pathogènes, 5. Contrôle et traitement des tiques.

Les présentations ont été données par 14 intervenants dont 9 du Pasteur Network. De manière inattendue, cet événement a réuni 80 participants issus de 15 instituts du Pasteur Network (HKU, CPC, Cermes, Fiocruz, IP Paris, IP Algérie, IP Côte d'Ivoire, IP Dakar, IP Guinée, IP Tunis, IP Iran, IP Laos, IP Maroc, HPI et Sciensano), montrant que ce sujet intéresse une large communauté de scientifiques du Pasteur Network. Cet événement a été l'occasion de réfléchir sur plusieurs questions de recherche et de renforcer le « réseau tiques » du Pasteur Network pour les futurs appels à projets européens et internationaux.

Cet exercice sur les tiques et les maladies transmises par les tiques a été un succès ; il a fallu 7 mois pour mettre en place un questionnaire, analyser les réponses, rédiger un rapport et organiser un atelier. Les organisateurs espèrent que cette success story sera renouvelée pour les futurs ateliers prévus sur des sujets tels que les vecteurs d'arbovirus, les vecteurs du paludisme et les autres vecteurs d'agents pathogènes moins répandus. L'objectif est de produire un document unique faisant un état des lieux et des recommandations sur les maladies à transmission vectorielle dans le Pasteur Network. Le livrable est attendu d'ici mi-2022.

 

Découvrez la présentation de cette initiative dans cette vidéo du Dr. Youmna M'ghirbi : https://www.youtube.com/watch?v=LV9GbK3iGLU

 

What about ticks in the Pasteur Network?

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The COS-RIIP is the scientific committee of the Pasteur Network; it has the mission to conduct a prospective thinking on programs having a global and regional scope, and to develop proposals for better visibility as well as to strengthen partnerships between the network partners and the international scientific community.

To this end, the COS-RIIP has identified four main axes such as vector-borne diseases as a priority research axis.

To help the COS-RIIP in implementing actions, a reflection on ticks and tick-borne diseases axis has been coordinated by Anna-Bella Failloux (Institut Pasteur in Paris) and Youmna M’ghirbi (Institut Pasteur of Tunis) since December 2020. The first objective of this working group was to identify experts in the field of ticks as vectors of pathogens in the Pasteur Network and inviting them to fill a questionnaire offering an overview of their activities on ticks. Ten institutes answered to this questionnaire, helping the creation of an inventory of forces and gaps of the Pasteur Network on tick-borne diseases.

A first workshop entitled “What about ticks in the Pasteur Network?” was held on June 21 2021. The workshop addressed five scientific topics: 1. Epidemiology and Modeling, 2. Biology and Ecology of ticks, 3. Pathogen detection, 4. Tick-pathogen interactions, 5. Tick control and treatment,

Presentations were given by 14 speakers from which 9 were from the Pasteur Network. Unexpectedly, this event brought together 80 participants from 15 institutes (HKU, CPC, Cermes, Fiocruz, IP Paris, IP Algeria, IP Ivory Coast, IP Dakar, IP Guinea, IP Tunis, IP Iran, IP Laos, IP Morocco, HPI and Sciensano), showing that this topic is of interest to a large community of scientists from the Pasteur Network. This event was an opportunity to brainstorm on several research questions and to strengthen the “ticks’ network” for future European and international funding calls.

This exercise on ticks and tick-borne diseases was a success; it took 7 months to set up a questionnaire, analyze answers, draft a report, and organize a workshop. The organizers hope that this success story will be renewed for future planned workshops on subjects such as vectors of arboviruses, vectors of malaria parasites and vectors of other neglected pathogens. The objective is to produce a unique document providing an inventory and recommendations on vector-borne diseases in the Pasteur Network. The deliverable is expected by mid-2022.


Discover the presentation of this initiative in this video by Dr. Youmna M'ghirbi: https://www.youtube.com/watch?v=LV9GbK3iGLU

 

 
Contribution des équipes de l'Institut Pasteur de Tunis à l'effort national de surveillance moléculaire des "Variants Of Concern" du virus SARS-CoV-2

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Dans le cadre de leur contribution à l'effort national de surveillance moléculaire du virus SARS-CoV-2, des équipes de l'Institut Pasteur de Tunis (IPT) travaillent ensemble, sous la coordination du Laboratoire de Virologie Clinique de l'IPT, pour détecter des Variants Préoccupants ("Variants of Concern" ou VoC) et d'Intérêt ("Variants of Interest" ou VoI) qui circulent déjà ou qui pourraient circuler actuellement en Tunisie.

A cette fin, une stratégie de séquençage en deux temps avec un séquençage partiel dans le gène S en premier temps suivi d'un séquençage à haut débit du génome complet a été mise en place (Fares et al. 2021).

Contribuent à cette stratégie le Laboratoire de Virologie Clinique (LVC), le Groupe "Immunobiologie des Infections" (GII) du "Laboratoire de Recherche sur la Transmission, Contrôle et l'Immunobiologie des Infections" (LTCII)",Plateforme de Technologie (IPTOmics) de l'Institut Pasteur de Tunis. , le Laboratoire de Bioinformatique, Biomathémathique et Biostatistique et le Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique.

Le séquençage à haut débit, au départ fait uniquement en sous traitance par la technologie Illumina, est désormais également possible à l'IPT, par la Technologie MinION (Oxford Nanopore Technologies). Ceci a été possible grâce aux efforts du Groupe "Immunobiologie des Infections", en collaboration avec la plateforme technique, certains membres du projet institutionnel Phindaccess et l'équipe de Virologie Clinique et au soutien du Fogarty International Center (Instituts Nationaux de Santé, USA), de l'Université Johns Hopkins (Baltimore, USA) ainsi que la "Division Internationale" du Réseau International des Instituts Pasteur.
Cette démarche est également soutenu par la participation de l'IPT au projet REPAIR, financé par le Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères français qui implique 10 instituts Pasteur du continent africain.

Au 30 juin 2021, 1025 prélèvements ont été testés à la recherche des Variants Préoccupants (VoCs et VoIs). Cette approche a permis de détecter pour la première fois l'introduction du variant Alpha (B.117, Britanique) en Février 2021 et qui a été ensuite retrouvé pratiquement dans tous les gouvernorats du pays. Le variant Nigérien (B.1.525) a été détecté pour la première fois en Mars 2021 et a été retrouvé à Médenine, Sfax, Nabeul et Tunis.

Selon la même approche, la première introduction du variant Delta (B.1.617.2, Indien) a été également signalée en Juin 2021, ce variant a été détecté jusque-là dans différents gouvernorats (Kairouan, Béjà, Tunis, Manouba, Kebili, Monastir, Siliana et Sousse). L'Observatoire National des Maladies Nouvelles et Emergeantes, les différentes Directions Régionales de la Santé ainsi que les autres laboratoires assurant le diagnostic de la COVID contribuent à cet effort par l'acheminement des prélèvements d'intérêt à l'Institut Pasteur de Tunis.


Contribution of the teams of the Institut Pasteur de Tunis to the National effort of molecular surveillance of the "variants of concern" of the sars-cov-2 virus

COVID-Varients_Twitter

As part of their contribution to the national effort to molecularly monitor the SARS-CoV-2 virus, teams from the Pasteur Institute of Tunis (IPT) are working together, under the coordination of the IPT Laboratory of Clinical Virology, to detect Variants of Concern and Variants of Interest that are already circulating or that could currently circulate in Tunisia.
To this end, a two-step sequencing strategy with partial sequencing in the S gene first followed by high-throughput sequencing of the complete genome has been put in place (Fares et al. 2021).

This strategy is implemented by the Laboratory of Clinical Virology (LVC), the Group "Immunobiology of Infections" (GII) of the "Laboratory of Research on the Transmission, Control and Immunobiology of Infections" (LTCII)", Technology Platform (IPTOmics) of the Pasteur Institute of Tunis. , the Laboratory of Bioinformatics, Biomathemathics and Biostatistics and the Laboratory of Biomedical Genomics and Oncogenetics.

High-speed sequencing, initially done only under contract by Illumina technology, is now also possible at IPT, by MinION Technology (Oxford Nanopore Technologies). This was possible thanks to the efforts of the Group "Immunobiology of Infections", in collaboration with the technical platform, some members of the institutional project Phindaccess and the team of Clinical Virology and the support of the Fogarty International Center (National Institutes of Health, USA), Johns Hopkins University (Baltimore, USA) as well as the "International Division" of Institut Pasteur in Paris.
This approach is also supported by the participation of the IPT in the REPAIR project, funded by the French Ministry for Europe and Foreign Affairs, which involves 10 Pasteur institutes from the African continent.

As of June 30, 2021, 1025 samples have been tested for Variants of Concern (VoCs and VoIs). This approach made it possible to detect for the first time the introduction of the Alpha variant (B.117, Britanic) in February 2021 and which was then found in virtually all the governorates of the country. The Nigerien variant (B.1.525) was first detected in March 2021 and was found in Medenine, Sfax, Nabeul and Tunis.

According to the same approach, the first introduction of the Delta variant (B.1.617.2, Indian) was also reported in June 2021, this variant has been detected so far in different governorates (Kairouan, Béjà, Tunis, Manouba, Kebili, Monastir, Siliana and Sousse). The National Observatory of New and Emerging Diseases, the various Regional Health Directorates as well as the other laboratories responsible for the diagnosis of COVID contribute to this effort by forwarding samples of interest to the Pasteur Institute of Tunis.

 

 
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