SEMINAIRE DE L'IPT (19 janvier 2023) Analyse génomique et métagénomique de la diversité des microorganismes

mariem hanachi1Le treizième séminaire de l'IPT intitulé : Analyse génomique et métagénomique de la diversité des microorganismes sera assuré par Dr. Mariem HANACHI, post-doctorante au sein du Laboratoire de BioInformatique, bioMathematiques et bioStatistiques (IPT-BIMSs à l'Institut Pasteur de Tunis 

Il aura lieu le jeudi 19 janvier 2023 à 11h00 dans le Grand amphithéâtre de l'IPT.

Résumé :
Les microorganismes représentent le fondement de la biosphère et se distinguent par leur ubiquité et leur diversité démesurée, qu'elle soit taxonomique, génétique ou fonctionnelle. En raison des liens étroits de commensalisme ou d'infection qui relient les microbes à leurs hôtes, le recensement et la description de cette biodiversité microbienne est primordiale. L'avènement des nouvelles technologies de séquençage (NGS) a eu un impact important sur notre manière d'exploiter, d'appréhender cette diversité microbienne et de comprendre les mécanismes qui la gouvernent. Dans deux cas d'études, nous démontrons ici comment l'exploitation des données NGS permet la description de la diversité microbienne de manière plus exhaustive, à l'échelle unitaire et communautaire, dans le but de répondre à deux problématiques de santé publique. Dans un premier temps, nous avons caractérisé les particularités génomiques du pathogène Streptococcus pneumoniae circulants en Nouvelle-Calédonie (NC), avant l'introduction du vaccin conjugué contre le pneumocoque (PCV) 13. Notre étude est centrée sur le sérotype 1, une cible prioritaire du PCV et qui figure régulièrement parmi les sérotypes de pneumocoques les plus répandus et le plus associé à des épidémies. Nos résultats ont montré que les clones du sérotype 1 circulants en Nouvelle-Calédonie présentent un risque d'échappement vaccinal. En effet, nous avons détecté la présence d'une forte densité de recombinaison dans le gène codant pour la capsule et notoirement connu pour être un mécanisme d'échappement aux vaccins. En plus de multiples gènes de virulence impliqués dans la colonisation et l'invasion de S. pneumoniae, notre analyse a montré que le sérotype 1 en Nouvelle-Calédonie présentait des propriétés de multi-résistance aux antibiotiques. Dans une seconde étude, nous avons procédé à une analyse métagénomique pour évaluer l'impact de la césarienne élective (ECS) sur la colonisation et la diversité microbienne du microbiote intestinal du nouveau-né Tunisien. Notre étude a permis d'identifier des marqueurs microbiens spécifiques aux nouveaux nés par césarienne et dont l'impact sur la santé du nouveau-né n'est plus à démontrer. A contrario, une prévalence plus élevée de bactéries "protectrices", comme les membres du phylum Bacteriodetes, a été détectée chez les nouveaux nés par voie basse. Les conclusions de notre étude peuvent permettre une meilleure sensibilisation des praticiens et des parents sur l'importance du mode d'accouchement sur la santé des nouveaux nés.

Biographie de Mariem HANACHI:
Biologiste de formation et titulaire d'un premier Master de recherche en Maladies infectieuses et un second en génétique humaine, Mariem Hanachi est actuellement post-doctorante au sein du laboratoire de Bioinformatique, BioStatistiques et BioMathématiques. Ces travaux de thèses, conduits sous la direction du Dr. Oussema Souiai et Pr. Alia BenKahla, ont principalement porté sur l'analyse bioinformatique des données OMICs, en particulier des données métagénomiques et génomiques. En plus des axes principaux de sa recherche, elle a participé à diverses collaborations à l'échelle institutionnelle et à l'international (projet H3a bionet) où elle a contribué à la mise en place d'un portail de métadonnées métagénomiques des populations africaines et apporté son expertise en Biostatistiques.

 

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