Séminaire de l'IPT (19 mai 2022)Variabilité génétique et surveillance moléculaire du SARS-CoV2

seminaire henda trikiLe troisième séminaire de l'IPT intitulé : Variabilité génétique et surveillance moléculaire du SARS-CoV2 sera assuré par Pr. Henda Triki, chef de service au Laboratoire de Virologie Clinique et membre du Laboratoire de Recherche « Virus Vecteurs Hôtes » de l'IPT.

Il aura lieu le jeudi 19 mai 2022 à 11h00 dans le Grand amphithéâtre de l'IPT.

Le séminaire sera retransmis en direct sur la page Youtube de l'IPT : https://www.youtube.com/watch?v=zewxz680mrU&list=PLVrvl5x1ZcZkGv3jPKTogBpQCYp81NCCp

Résumé :

Le SARS-CoV2, agent de la COVID-19, a été rapporté début Janvier 2020. Appartenant au genre "Betacoronavirus" de la Famille "Coronaviridae", c'est un virus sphérique enveloppé à ARN monocaténaire ayant un aspect en couronne en microscopie électronique. Son génome code pour 20 protéines dont 16 non structurales et 4 structurales et présente des mutations fréquentes. Si la plupart de ces mutations n'ont que peu ou pas d'incidence sur les propriétés du virus, d'autres engendrent des variants plus ou moins préoccupants.
Les variants sont définis sur la base des mutations, insertions et délétions par rapport à la souche de référence: Wuhan-Hu-1 (GenBank accession NC_045512.2), isolée chez un patient à Wuhan, Chine, le 26 Décembre 2019. Depuis le début de la pandémie, plus de 1900 variants ont été jusque là décrits. Les variants les plus importants sont classés en 3 catégories: VOCs (Variants of Concern), VOIs (Variants of Interest) et VUMs (Variants Under Monitoring). Ils ont tous comme propriétés communes des modifications génétiques pouvant affecter les caractéristiques du virus. Les VOCs ont été effectivement associés à une transmissibilité et/ou virulence accrue, une modification du tableau clinique et/ou une efficacité diminuée de test diagnostic, vaccins ou traitements. Les VOIs sont associés à une transmission communautaire importante avec plusieurs foyers dans plusieurs pays et/ou une prévalence croissante. Les VUMs ont des répercussions phénotypiques ou épidémiologiques encore pas claires nécessitant une surveillance renforcée. Cette classification est dynamique dans le temps, un variant peut passer d'une catégorie à une autre. Cinq VOCs ont été jusque là décrits: Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351), Gamma (P1), Delta (B.1.617.2) et Omicron (B.1.1.529). L'identification de ces variants est au mieux faite par séquençage du génome complet (technique NGS); le séquençage patiel dans le gène S et la recherche de variants particuliers par PCR en temps réel permettent une détection plus large et à moindre coût.
Depuis la détection du 1er cas le 4 Mars 2020, la Tunisie a connu 5 vagues de COVID: la première (Mars-Mai 2020) était faite de cas importés et cas associés, sans transmission communautaire. La 2ème s'est déclenchée dès l'été 2020, suite au relâchement des mesures préventives avec transmission communautaire importante. Les 3ème, 4ème et 5ème vagues sont survenues suite à l'introduction des variants Alpha (Février 2021), Delta (Mai 2021) et Omicron (Décembre 2021).
Une stratégie nationale pour la surveillance moléculaire du SARS-CoV2 a été initiée en Mars 2021, reposant sur 4 laboratoires réalisant le séquençage partiel et 2 laboratoires réalisant le séquençage génome complet. Les prélèvements séquencés sont sélectionnés soit au hasard soit de manière ciblée pour des cas particuliers (premiers cas d'un cluster, cas pédiatriques, graves ou importés, cas de réinfection ou d'infection chez les sujets vaccinés). Les données de recherche des variants à l'Institut Pasteur de Tunis, sur près de 1500 prélèvements analysés par séquençage de génome complet ou par séquençage partiel dans le gène S révèlent la circulation de plus de 32 variants depuis le début de l'épidémie.
En conclusion, la surveillance moléculaire en temps réel permet d'informer les instances sanitaires et publique de tout changement au niveau des variant circulants afin de prévenir leur propagation et orienter la riposte à la pandémie. En Tunisie, NGS et séquençage partiel permettent actuellement une veille en temps réel mais un renforcement des capacités de séquençage NGS reste nécessaire.

Biographie de Henda Triki:

After medical studies in the Faculty of Medicine of Sfax (that ended with a presidential award in 1984) and obtention of the National Diploma of Speciality in Microbiology in 1990, Henda Triki joined the Pasteur institute of Tunis in 1991 and was assigned at the head of the Laboratory of Clinical Virology. This laboratory basically conducts diagnostic activities in human virology and also acts as a WHO Regional Reference Laboratory in the Eastern Mediterranean Region (EMR) for poliomyelitis, since 1992, and for Measles since 2002. Henda Triki became Assistant Professor in Virology in 1993, Associate Professor in 1998 and Professor in Virology in 2006. She worked as Director of Public Health & Medical Affairs in the Pasteur Institute of Tunis from 2002 to 2006 and was member of several national and international committees on vaccine preventable diseases. Beside her diagnostic and Public health activities, Henda Triki is also involved in Research with a special interest in viral hepatitis and enteric viruses. She was Director of a Research Unit on Hepatitis and epidemic viral diseases in the Pasteur Institute of Tunis from 2002-2004 which was enlarged to a Research Laboratory on Genetic Diversity of Hepatic and Enteric viruses from 2005 to 2016. Presently, she is a member of the Research Laboratory: “Viruses, Vectors and Hosts: One Health approach & technological innovation for a better health”. Up to early 2022, she was the authors of 116 research articles published in indexed international revues.

 

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