Contribution des équipes de l'Institut Pasteur de Tunis à l'effort national de surveillance moléculaire des "Variants Of Concern" du virus SARS-CoV-2

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Dans le cadre de leur contribution à l'effort national de surveillance moléculaire du virus SARS-CoV-2, des équipes de l'Institut Pasteur de Tunis (IPT) travaillent ensemble, sous la coordination du Laboratoire de Virologie Clinique de l'IPT, pour détecter des Variants Préoccupants ("Variants of Concern" ou VoC) et d'Intérêt ("Variants of Interest" ou VoI) qui circulent déjà ou qui pourraient circuler actuellement en Tunisie.

A cette fin, une stratégie de séquençage en deux temps avec un séquençage partiel dans le gène S en premier temps suivi d'un séquençage à haut débit du génome complet a été mise en place (Fares et al. 2021).

Contribuent à cette stratégie le Laboratoire de Virologie Clinique (LVC), le Groupe "Immunobiologie des Infections" (GII) du "Laboratoire de Recherche sur la Transmission, Contrôle et l'Immunobiologie des Infections" (LTCII)",Plateforme de Technologie (IPTOmics) de l'Institut Pasteur de Tunis. , le Laboratoire de Bioinformatique, Biomathémathique et Biostatistique et le Laboratoire de Génomique Biomédicale et Oncogénétique.

Le séquençage à haut débit, au départ fait uniquement en sous traitance par la technologie Illumina, est désormais également possible à l'IPT, par la Technologie MinION (Oxford Nanopore Technologies). Ceci a été possible grâce aux efforts du Groupe "Immunobiologie des Infections", en collaboration avec la plateforme technique, certains membres du projet institutionnel Phindaccess et l'équipe de Virologie Clinique et au soutien du Fogarty International Center (Instituts Nationaux de Santé, USA), de l'Université Johns Hopkins (Baltimore, USA) ainsi que la "Division Internationale" du Réseau International des Instituts Pasteur.
Cette démarche est également soutenu par la participation de l'IPT au projet REPAIR, financé par le Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères français qui implique 10 instituts Pasteur du continent africain.

Au 30 juin 2021, 1025 prélèvements ont été testés à la recherche des Variants Préoccupants (VoCs et VoIs). Cette approche a permis de détecter pour la première fois l'introduction du variant Alpha (B.117, Britanique) en Février 2021 et qui a été ensuite retrouvé pratiquement dans tous les gouvernorats du pays. Le variant Nigérien (B.1.525) a été détecté pour la première fois en Mars 2021 et a été retrouvé à Médenine, Sfax, Nabeul et Tunis.

Selon la même approche, la première introduction du variant Delta (B.1.617.2, Indien) a été également signalée en Juin 2021, ce variant a été détecté jusque-là dans différents gouvernorats (Kairouan, Béjà, Tunis, Manouba, Kebili, Monastir, Siliana et Sousse). L'Observatoire National des Maladies Nouvelles et Emergeantes, les différentes Directions Régionales de la Santé ainsi que les autres laboratoires assurant le diagnostic de la COVID contribuent à cet effort par l'acheminement des prélèvements d'intérêt à l'Institut Pasteur de Tunis.


Contribution of the teams of the Institut Pasteur de Tunis to the National effort of molecular surveillance of the "variants of concern" of the sars-cov-2 virus

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As part of their contribution to the national effort to molecularly monitor the SARS-CoV-2 virus, teams from the Pasteur Institute of Tunis (IPT) are working together, under the coordination of the IPT Laboratory of Clinical Virology, to detect Variants of Concern and Variants of Interest that are already circulating or that could currently circulate in Tunisia.
To this end, a two-step sequencing strategy with partial sequencing in the S gene first followed by high-throughput sequencing of the complete genome has been put in place (Fares et al. 2021).

This strategy is implemented by the Laboratory of Clinical Virology (LVC), the Group "Immunobiology of Infections" (GII) of the "Laboratory of Research on the Transmission, Control and Immunobiology of Infections" (LTCII)", Technology Platform (IPTOmics) of the Pasteur Institute of Tunis. , the Laboratory of Bioinformatics, Biomathemathics and Biostatistics and the Laboratory of Biomedical Genomics and Oncogenetics.

High-speed sequencing, initially done only under contract by Illumina technology, is now also possible at IPT, by MinION Technology (Oxford Nanopore Technologies). This was possible thanks to the efforts of the Group "Immunobiology of Infections", in collaboration with the technical platform, some members of the institutional project Phindaccess and the team of Clinical Virology and the support of the Fogarty International Center (National Institutes of Health, USA), Johns Hopkins University (Baltimore, USA) as well as the "International Division" of Institut Pasteur in Paris.
This approach is also supported by the participation of the IPT in the REPAIR project, funded by the French Ministry for Europe and Foreign Affairs, which involves 10 Pasteur institutes from the African continent.

As of June 30, 2021, 1025 samples have been tested for Variants of Concern (VoCs and VoIs). This approach made it possible to detect for the first time the introduction of the Alpha variant (B.117, Britanic) in February 2021 and which was then found in virtually all the governorates of the country. The Nigerien variant (B.1.525) was first detected in March 2021 and was found in Medenine, Sfax, Nabeul and Tunis.

According to the same approach, the first introduction of the Delta variant (B.1.617.2, Indian) was also reported in June 2021, this variant has been detected so far in different governorates (Kairouan, Béjà, Tunis, Manouba, Kebili, Monastir, Siliana and Sousse). The National Observatory of New and Emerging Diseases, the various Regional Health Directorates as well as the other laboratories responsible for the diagnosis of COVID contribute to this effort by forwarding samples of interest to the Pasteur Institute of Tunis.

 

 

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