Retour sur le cours "Bioinformatique et Analyse des Génomes 2018"

BCGAIPT2018_GP0Un cours de haut niveau scientifique de « Bioinformatique et d'Analyse des Génomes » a été organisé à l'Institut Pasteur de Tunis du 10 Septembre aux 14 Décembre 2018 (https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2018.html).

Ce cours a été organisé grâce au concours de l'Université Tunis El Manar, l'Institut Pasteur de Tunis et de l'IRESA et aux contributions financières de la Direction Générale de la Recherche Scientifique de l'Institut Français de Tunisie (IFT), de l'Agence Universitaire de la Francophonie (AUF) ainsi que de la Fédération Européenne des Sociétés de  Biochimie (FEBS).

Il a regroupé quatorze jeunes chercheurs, thésards et post-doctorants ainsi que quatorze Enseignants et conférenciers provenant d'Institutions Françaises (dont une majorité de l'Institut Pasteur de Paris), Italiennes, Autrichienne, Américaine, Canadienne, Suédoise et Tunisienne dont l'Institut Pasteur de Tunis.
Le total des heures des cours théoriques et des travaux pratiques dans un environnement Unix s'est élevé à 450 heures et à un minimum de 120 heures de travail personnel de préparation en dehors du cours.  
Les objectifs principaux du cours étaient de familiariser les participants :

I-aux méthodes et outils bioinformatiques pour l'analyse des données génomiques à grande échelle dans un environnement Unix des: 
1- génomes complets, 
2- données métagénomiques, 
3- données relatives aux variants structuraux des génomes 
4- Réseaux biologiques. II-au travail dans un environnement scientifique (suivi et synthèse bibliographiques, préparation et présentation écrite et orale de travaux scientifiques)

La réalisation de ces objectifs a consisté:
1) en une mise à niveau en Shell Unix, en langages perl et R, qui a duré deux semaines,
2) en une mise à niveau aux méthodes et outils d'analyses de séquences, qui a duré deux semaines,
3) Les analyses génomiques à grande échelle qui ont duré 8 semaines et concernaient les génomes complets (Eukaryotes et Prokaryotes) : assemblage des séquences génomiques, comparaison à grande-échelle, visualisation des relations entre génomes, étude de leur évolution, les analyses des données métagonomiques et des variants structuraux des génomes ainsi que les réseaux biologiques.

Des exposés théoriques approfondis pour chacun de ces thèmes ont été suivis par des travaux pratiques consistant à écrire des scripts en shell sh/perl ou R. Par ailleurs, une réunion de laboratoire hebdomadaire a été réservée au suivi de l'actualité scientifique concernant les thèmes du cours selon les publications parues (TOCs) dans la semaine ainsi qu'au suivi des projets de synthèses bibliographiques que chaque participant a choisi d'entreprendre sur un sujet de son choix.  
Le cours s'est terminé par une série de conférences sur le thème : « Bioinformatique et Analyse des génomes : qu'avons-nous appris et perspectives » ainsi que par la présentation de chaque participant de son travail bibliographique.  
Le cours a été intense et d'un haut niveau scientifique. Les collègues enseignants, tous de haut scientifique, ont grandement apprécié les fortes motivations des participants ainsi que leurs implications et les interactions multiples lors des exposés et des travaux pratiques.

Le programme ainsi que l'ensemble du matériel du cours sont disponibles à partir du lien : https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2018/BCGAIPT2018_Prog.html

Un article qui traite de l'organisation et du contenu du cours a par ailleurs été publié dans la revue Plos Computational Biology
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1006373
Citation: Guerfali FZ, Laouini D, Boudabous A, Tekaia F (2019)
Designing and running an advanced Bioinformatics and genome analyses course in Tunisia.
PLoS Comput Biol 15(1): e1006373. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006373

En Hommage à Georges Cohen:
Un grand scientifique que nous avons eu la chance de côtoyer, vient de nous quitter. Il nous a toujours encouragé à organiser ce cours et nous avait honoré par sa participation à 3 occasions en particulier à l'Institut Pasteur de Tunis et à l'Institut Pasteur de Paris. Il nous quitte en nous laissant les souvenirs de ses grandes qualités scientifiques et humaines.



BCGAIPT2018_GP0A « Bioinformatics and Genome Analyses » course was organized in the Institut Pasteur of Tunis, Tunisia, from September 10 to December 14, 2018 (https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2018.html) thanks to the contribution of the University Tunis El Manar, the Institut Pasteur de Tunis and the IRESA as well as the financial support of the Directorate General of Scientific Research "Institut Français de Tunisie" IFT, the "Agence Universitaire de la Francophonie" (AUF) and the Federation of European Biochemical Societies (FEBS).

The course gathered fourteen young researchers and Phd students as well as fourteen invited high level speakers coming from France (mainly from the Institut Pasteur Paris), Italy, USA, Austria, Canada, Sweden and Tunisia.
The hourly amount of the course sums to 450 hours of theoretical and practical sessions in a Unix environment plus about 120 hours of supplementary personal work and project preparation outside the course sessions.

The main objectives of the course were to familiarize participants:

A-With Bioinformatics and large-scale genome data analyses skills in a Unix environment in:
1-Complete Genome: sequencing, assembly and comparisons;
2-NGS data analyses: including genome structural variants and metagenomics;
3-Network Biology.

B-On how to work in a scientific environment (Scientific Bibliography follow up and synthesis, Preparation of written and oral presentations).
The effective program consisted of :
1)Updates in Unix/perl in the context of genome analysis, during 2 weeks
2)Updates in Sequence analyses methods and tools, during 2 weeks
3)Large-scale genome data analyses methods and tools during 8 weeks relative to: 
a) Complete genomes (eukaryotes and bacterial): sequence assembly, large-scale comparisons (including duplication, conservation, paralogs and orthologs inference and clustering, visualization of relationships); 
b) Genome structural variants analyses; 
c) Metagenomic data analyses; d) Network Biology.
4) One week of Lectures on "Bioinformatics and Genome Studies: What did we learn and perspectives" as well as presentations by the participants of their final bibliographic projects.  
A weekly Lab Meeting was organized to discuss scientific published works during the week that were related to the course topics as well as progress in bibliographic projects related to topics chosen by the participant.  
The course was intense following the international standards. Invited speakers have positively appreciated the motivation of the participants and their continuous interaction during their corresponding theoretical and practical sessions.

The course program and corresponding material is available through this link: https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2018/BCGAIPT2018_Prog.html

An article on the organization and the content of the course has been published in the journal Plos Computational Biology
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1006373
Citation: Guerfali FZ, Laouini D, Boudabous A, Tekaia F (2019)
Designing and running an advanced Bioinformatics and genome analyses course in Tunisia.
PLoS Comput Biol 15(1): e1006373. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006373

In Tribute to Georges Cohen:
A great scientists that we got the chance to know, passed away. He always encouraged the set up of this course and honored us by his participation in three occasions, particularly in Institut Pasteur de Tunis and Institut Pasteur Paris. He leaved us with the memories of his great scientific and human qualities.

 

 

Partager cet article