Retour sur le cours "Bioinformatics and genome analysis"

cloture bioinfoUn cours de « Bioinformatique et d'Analyse des Génomes » a été organisé à l'Institut Pasteur de Tunis du 18 Septembre aux 15 Décembre 2017 (https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2017.html).

Ce cours a été organisé grâce au concours de l'Université Tunis El Manar et l'Institut Pasteur de Tunis et aux contributions financières de l'Institut Français de Tunisie et de l'AUF (Agence Universitaire de la Francophonie). Il a regroupé une vingtaine de participants qui sont de jeunes chercheurs ou étudiants en cours de thèse ainsi qu'une dizaine d'Enseignants et de conférenciers provenant d'Institutions Françaises (dont une majorité de l'Institut Pasteur de Paris), Américaine, Canadienne, Suédoise et Tunisiennes dont l'Institut Pasteur de Tunis.

L'organisation du cours à été faite de façon à réserver environ un quart du temps à des présentations théoriques et trois quarts du temps à des sessions pratiques. Les travaux pratiques se sont déroulés dans un environnement Unix. Le total des heures des cours théoriques et de travaux pratiques s'est élevé à 450 heures avec un minimum de 120 heures de travail personnel de préparation en dehors des heures de cours. Le cours a consisté en une mise à niveau en Shell Unix, en langages perl et R, qui a duré deux semaines, suivi d'une mise à niveau en méthodes et outils d'analyses de séquences (comparaisons simple et multiple, analyses phylogénétiques et analyses évolutionnaires) qui a duré deux semaines. Les comparaisons génomiques à grande échelle concernant des génomes complets, des données de type NGS et des données métagénomiques ont duré 6 semaines. Les exposés théoriques approfondis pour chacun de ces thèmes ont été suivis par des travaux pratiques consistant à écrire des scripts en shell/perl/R.

Par ailleurs une réunion de laboratoire hebdomadaire a été réservée au suivi de l'actualité scientifique concernant les thèmes du cours selon les publications parues dans la semaine ainsi qu'au suivi des projets de synthèses bibliographiques que chaque participant a choisi d'entreprendre sur un sujet de son choix.   Le cours s'est terminé par une série de conférences sur le thème : « Bioinformatique et Analyse des génomes : qu'avons-nous appris et perspectives » ainsi que par la présentation de chaque participant de son travail bibliographique.   Le cours a été intense et d'un haut niveau. Les collègues enseignants ont grandement apprécié les fortes motivations des participants ainsi que leurs implications et les interactions multiples au sein du groupe de travail.   Le programme ainsi que l'ensemble du matériel du cours sont disponibles à partir du lien : https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGAIPT2017/BCGAIPT2017_Prog.html

 

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